Trên thực tế, ba tuyến Tokaido, Sanyo and Kyushu được nối liền từ Tokyo xuống phía tây nam. Một số tàu chạy liền mạch hai tuyến Tokaido-Sanyo và Sanyo-Kyushu. Tuy nhiên, ba tuyến này được vận hành bởi ba công ty khác nhau.

Tuy đều khởi hành từ ga Tokyo, hai tuyến Tokaido và Tohoku không được nối liền.

Hai tuyến mini-shinkansen của tuyến chính Tohoku cũng được xây lắp bằng việc thay đổi đường ray của tuyến tàu chậm cũ:

• Yamagata (Sơn Hình) từ Fukushima đến Shinjō
• Akita (Thu Điền) từ Morioka đến Akita

Các tuyến trong tương lai

Các tuyến đang được xây dưng bao gồm:

• Hokuriku (Bắc Lục) kéo dài từ Kanazawa tới Tsuruga, dự định khai trương năm 2023. Sau đó đoạn kéo dài tiếp theo tới Osaka đã dược hoạch định và sẽ đi qua thành phố Obama và Kyoto. Đoạn đường cuối dự định sẽ hoàn thành vào năm 2030, sau 15 năm xây dựng.
• Nagasaki (Trường Kỳ) dự định sẽ là mini-shinkansen của tuyến Kyushu. Hiện tại chỉ có đoạn từ Nagasaki đến Takeo-Onsen đã được triển khai.
• Hokkaido (Bắc Hải Đạo) đoạn từ Shin-Hakodate-Hokuto tới Sapporo đang dược xây dựng và dự kiến khánh thành năm 2031.
• Chuo (Trung ương) từ Tokyo qua Nagoya tới Osaka (tương tự như tuyến Tokaido nhưng đi trong khu vực núi thay vì ven biển) đang được hoạch định dùng công nghệ siêu tốc maglev. JR Central bắt đầu xây dựng năm 2014, dự kiến hoàn thành đoạn Tokyo-Nagoya năm 2027 và đoạn Nagoya-Osaka năm 2045. Vì tuyến này dự định đi qua cố đô Nara thay vì cố đô Kyoto, chính quyền địa phương Kyoto đã lên tiếng phản đối và yêu cầu chính phủ xem xét lại quy hoạch vào tháng 2 năm 2012. Thống đốc tỉnh Nara Shogo Arai đã nói sự phản đối của Kyoto là nực cười và cam đoan rằng chính quyền trung ương vẫn sẽ giữ tuyến Chuo đi qua Nara.[5].